Cơ sở giáo dục đại học được phân thành 3 tầng: cơ sở giáo dục đại học định hướng nghiên cứu; cơ sở giáo dục đại học định hướng ứng dụng và cơ sở giáo dục đại học định hướng thực hành.  

Tất cả các cơ sở giáo dục đại học trong mỗi tầng tùy theo chất lượng được sắp xếp vào 3 hạng của khung xếp hạng theo thứ tự từ cao xuống thấp: hạng 1, hạng 2, hạng 3.

Khung xếp hạng được xác định theo điểm với cơ cấu như sau: hạng 1 bao gồm 30% các cơ sở giáo dục đại học có điểm cao nhất; hạng 3 bao gồm 30% các cơ sở giáo dục đại học có điểm thấp nhất, và hạng 2 bao gồm 40% các cơ sở giáo dục đại học không thuộc hạng 1 và 3. 

Nghị định quy định rõ các tiêu chuẩn xếp hạng cơ sở giáo dục đại học gồm: quy mô, ngành nghề và các trình độ đào tạo; cơ cấu các hoạt động đào tạo và khoa học công nghệ; chất lượng đào tạo và nghiên cứu khoa học; kết quả kiểm định chất lượng giáo dục.

Bộ Giáo dục và Đào tạo sẽ hướng dẫn cách tính điểm cho mỗi chỉ số của các tiêu chí theo tiêu chuẩn xếp hạng cơ sở giáo dục đại học.

Nghị định cũng nêu rõ, phân tầng cơ sở giáo dục đại học được thực hiện theo chu kỳ 10 năm. Xếp hạng cơ sở giáo dục đại học được thực hiện theo chu kỳ 2 năm.